Il processo di Logon è probabilmente il primo e più importante vincolo di sicurezza per i servizi telematici. Attraverso la pagina di login, in B!Connect Pharma possono entrare solamente utenti registrati. Un avanzato sistema di autenticazione garantisce sia la necessaria privacy per quanto riguarda i dati aziendali sia la possibilità di differenziare gli accessi, e dunque la visibilità dai dati, in base a gruppi definibili con il cliente in modo da rispecchiare la struttura dell'organizzazione aziendale. Tramite i gruppi ogni utente potrà visualizzare solo i moduli ed i dati di sua pertinenza, così come potrà inserire o modificare taluni dati e non magari altri dati per cui sarà necessaria l'autorizzazione di un supervisore, o comunque di un utente appartenente ad un gruppo gerarchicamente superiore.